以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续杀人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。